Водородът, който е част от водната молекула на водата H2O, е свързан атом. Водородните атоми са част от всички органични вещества (протеини, мазнини, въглехидрати, алкохоли, въглеводороди и др.), както и много неорганични вещества (киселини, основи, соли и др.). Молекулярният водород, с който е обогатена водата, е независимо вещество. Във водата се добавя, за да влезе в тялото и да взаимодейства там с окислители, които създават значителни проблеми. Например, хидроксил радикалът (OH, най-опасният за организма), когато взаимодейства с водорода, се превръща в обикновена вода и престава да разрушава тялото: 2(ОН) + H2 = 2H2O
Това е основното значение на водородната вода.